Quách Bốc bị dẹp, đầu năm 1210, Lý Cao Tông trở về Thăng Long. Trần Lý không kịp nhận phong thưởng của Cao Tông thì bị một lực lượng nổi dậy khác giết hại mà sử không rõ là lực lượng nào[4]. Vì vậy người con thứ của ông là Trần Tự Khánh thay ông cầm quân.

Cuối năm đó Cao Tông hoàng đế băng hà, con trưởng là Hoàng thái tử Sảm lên nối ngôi, tức là Lý Huệ Tông.